특허청은 특허 및 실용신안 권리자의 등록료 부담을 덜어주기 위하여 특허료 및 실용신안등록료를 인하하고, 심사와 심판 및 조사의 원가를 고려하여 심사청구료·심판청구료·「특허협력조약」에 따른 조사료 및 국제예비심사료를 인상하는 한편, 중기업의 수수료 감면비율을 확대하며, 현행 연간 수수료 면제 대상 건수를 조정하기 위하여 최근 특허료 등의 징수규칙을 개정하였으며 개정된 규칙은 2009년 1월 1일부터 시행되고 그 주요내용은 다음과 같다.

   가. 제9년차 이내의 특허료 및 실용신안등록료를 인하하고 (약 5 내지 30% 인하), 2009년 1월 1일 전에 이미 등록결정 또는 등록심결의 등본이 발송된 경우에는 종전의 등록료를 납부하도록 하며, 특허료 및 실용신안등록료의 개정 규정은 ‘09.1.1. 이후 최초로 납부하는 분부터 적용함

  나. 특허심사청구료 및 실용신안심사청구료를 인상하고 (약 20 내지 30% 인상), 심판청구의 남용을 방지하기 위하여 심판청구료를 인상하며(약 100% 인상), 국제적인 수수료 수준과의 균형 도모를 위하여 「특허협력조약(PCT)」에 따른 국제출원수수료를 인상함 (약 100 내지 300% 인상)  

  다. 수수료 감면제도를 개선하여 현행 중기업 50%·소기업 70%인 감면율을 중소기업 70%로 확대하고, 연간 50건인 수수료 면제 상한선을 연간 10건으로 현실화

따라서 2009년 1월 1일 이후에 심사청구를 하게 되면 높은 심사청구료를 지불하여야하므로 가급적 2008년 12월 31일까지 필요한 심사청구를 할 필요가 있다.